Nebenwirkungen einer TRT hängen vor allem von der Dosierung und der individuellen Reaktion ab. Häufig sind Hautveränderungen wie Akne oder fettigere Haut, Wassereinlagerungen, Stimmungsschwankungen oder Veränderungen der Libido.

Bei allen drei Formen kann es bei zu hoher Dosierung zu einem Ungleichgewicht kommen, das sich unterschiedlich äußert. Injektionen zeigen dabei eher stärkere Schwankungen im Verlauf, beim Gel eher lokale Hautreaktionen, und bei der oralen Therapie ist die Wirkung sehr individuell steuerbar und daher gut kontrollierbar, wenn sie eng begleitet wird.