Nebenwirkungen einer TRT hängen vor allem von dem verwendeten Präparat, von der Verabreichungsart, von der Dosierung und der individuellen Reaktion ab. Es können Hautveränderungen wie Akne oder fettigere Haut, Wassereinlagerungen, Haarausfall, Hodenatrophie, Unfruchtbarkeit, Abhängigkeit, Stimmungsschwankungen oder Veränderungen der Libido auftreten.

Bei allen drei Formen kann es bei zu hoher Dosierung zu einem Ungleichgewicht kommen, das sich unterschiedlich äußert. Injektionen und Gele zeigen dabei meist die häufigsten Nebenwirkungen, während bei der oralen Therapie die Nebenwirkungen geringer sind und meist gut kontrollierbar, wenn sie ärztlich eng begleitet wird.