Bijwerkingen van een TRT zijn vooral afhankelijk van het gebruikte preparaat, de toedieningsvorm, de dosering en de individuele reactie. Er kunnen huidveranderingen optreden, zoals acne of een vettere huid, maar ook vochtophoping, haaruitval, testiculaire atrofie, onvruchtbaarheid, afhankelijkheid, stemmingswisselingen of veranderingen in het libido.

Bij alle drie de vormen kan een te hoge dosering leiden tot een hormonale disbalans, die zich op verschillende manieren kan uiten. Injecties en gels veroorzaken daarbij doorgaans de meeste bijwerkingen, terwijl de bijwerkingen bij orale therapie geringer zijn en meestal goed beheersbaar zijn wanneer de behandeling nauwlettend medisch wordt begeleid.